プラグインの登録ができたら、次はAviUtlの初期設定をしておく。特に初期設定をしなくても使い始められるが、大きな動画（Full HD程度）を扱うには事前の設定が必要だ。AviUtlを起動し、メニューから ファイル - 環境設定 - システムの設定 を開く。

まず変更するのは、「最大画像サイズ」。ここを大きくしておかないと、大きなサイズの動画を読み込む事ができない。逆に言えば、ここに設定される以上の大きさの動画を扱う必要がなければ、変更はしなくても良い。標準では 1280x720 に設定されているので、1920x1080 に変更しておく。

続いて最大フレーム数。標準では320000フレームに設定されているので、30fpsの動画だと320000/30=10666.7秒、178分弱まで読み込める計算になる（60fpsならその半分、24fpsならおよそ24%増しの220分ほど）。30fpsで3時間弱なので十分だと思うが、もしより長い時間の動画を読み込ませたい場合は、8388607フレームまで設定する事ができる（30fpsで77時間）。

その下のキャッシュフレーム数は、動画の編集時にキャッシュするフレーム数。十分なメモリを積んだPCであれば、ここの数を上げておくとよりスムーズに編集位置を移動させる事ができる。最大32。

上記3つの項目は大きくすればしただけメモリを使うので、極端に大きな数値を入れるとハングアップの原因になる。最初は少しづつ変えていって、ここかなというしきい値を見つけるとよいだろう。

リサイズ設定の解像度リストには、AviUtl本体に含まれるリサイズフィルタでのリサイズ設定を行う事ができる。外部フィルタを使用する場合には、設定は不要かもしれない。使用する場合、よく使う動画サイズをここへ入れておくとよいだろう。

あとは任意フレーム数移動の値を変更するが、ここは編集したい動画によって調整した方がよいので、設定ができる事だけ覚えておいて欲しい。たとえばCMカットがしたければ、15秒x29.97fps=449.55、450をここのどれかに設定をしておいて、別の設定でキーボードショートカットにそれを割り当てれば、ショートカットひとつで15秒分のフレームを移動する事ができるようになり便利だ。

設定に関しては、使いながら少しづつ詰めていくと良いと思う。ここで設定した内容は全て、aviutl.exeと同じ階層のaviutl.iniに保存されるので、これをバックアップしておけば、再インストール時にも設定は引き継がれる。また、標準へ戻したければ、aviutl.iniをリネームすれば、次のAviUtl起動時に新たにaviutl.iniが作られる。

あとは、入力プラグインの優先度を確認しておく。DirectShow File Readerは他のプラグインで読めなかった時に使用するので、一番下へ移動させておく。L-SMASH Worksも汎用性があるが、他に専用プラグインがあればそれを利用したいので、下へ回しておく。ところがm2ts形式を読み込ませる時にL-SMASHよりMPEG-2 VIDEO File Readerが先にくると、ファイルは読み込まれるが音がでなくなる。なので、MPEG-2フィルタよりL-SMASHを優先にしておく。あとのプラグインはそれぞれ専用のものなので、並びはあまり関係ない。今の場合だと、上から

AVI/AVI2 File Reader
Wave File Reader
BMP File Reader
JPEG/PNG File Reader
AVI File Reader ( Video For Windows )
AviUtl ProjectFile Reader 1.00
L-SMASH Works File Reader
MPEG-2 VIDEO File Reader
DirectShow File Reader

という感じに並んでいる。また、それぞれのプラグインでGUI設定が可能なものは、このウィンドウで設定ボタンを押すと設定画面を開く事ができる。